| Dirección general |
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| Misión: coordinar, integrar y controlar los procesos funcionales. Integrada por: Directora General y Subdirectora General |
| Dirección de Programas y Proyectos de Investigación |
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| Misión: coordinar, integrar y dirigir los proyectos de investigaciones asociados al Programa Nacional o institucionales. Integrada por: 1 director |
| Dirección de Formación y Colaboración |
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| Misión: coordinar, integrar y dirigir la formación académica desde los proyectos de investigación. Integrada por: 1 directora |
| Dirección de Servicios Educativos |
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| Misión: coordinar, integrar y dirigir los procesos funcionales encaminados a garantizar los servicios educativos del Instituto. Integrada por: 1 directora 2 Departamentos 1 Grupo de Comunicación institucional |
| Departamento de Gestión de la Información |
| Misión: coordinar, integrar, y dirigir los servicios científico técnico y de documentación de la institución con eficiencia y calidad. Integrado por: 1 jefa de departamento |
| Departamento de Idiomas |
| Misión: difundir la enseñanza del español como lengua extranjera, así como la cultura cubana a estudiantes extranjeros se especializa en cursos de idioma español, inglés y francés. Integrado por: 1 jefa de departamento |
| Sección de Aseguramiento Educacional |
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| Misión: coordinar y controlar los procesos funcionales para la planificación y ejecución del presupuesto de la institución. Integrada por: 1 jefa de sección |
| Secretaría Científica |
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| Misión: funcionar como u aparato auxiliar de la Dirección General del Instituto. Integrada por: 1 secretaria científica |
| Recursos Humanos |
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| Cuadros de Dirección: 8 Investigadores: 54 Otros: 16 |